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基於本所之理念及教育目標、特色與願景，以及本所現有師資結構，本所目前教學及研究展之焦點領域有六，以下呈現此六大領域及其各自追求之學術發展方向：
海洋法律與政策
鑽研海洋法政學理，貢獻於國家海洋政策形塑與海洋權益的維護。
海洋外交與治理
探討海洋外交與治理之理論與實務，致力於國家海洋外交工作，提振海洋治理之涉外能力。
水下文化遺產
建構水下文化遺產治理之學理，並運用學理所得之法政工具於水下文化遺產治理實務。
永續海洋與漁業
研析海洋及漁業永續利用之知識與方法，強化海洋國家的生態與資源保育。
藍色經濟與海洋空間規劃
博學資源經濟知識，篤行海域空間規劃，致力於推動永續海洋之治理。
環境變遷與調適
慎思順應自然的島嶼文明，明辨傳統知識與現代科學的本質，創新因應氣候變遷的調適管理策略。
